此次共審計(jì)55個(gè)中央部門，延伸審計(jì)285個(gè)所屬單位。2008年，這55個(gè)中央部門共收到財(cái)政撥款3451.66億元，占中央財(cái)政本級(jí)支出的26%。審計(jì)財(cái)政撥款1159.58億元，其中：部門本級(jí)859.03億元，占這些部門本級(jí)財(cái)政撥款總額的95%；所屬單位300.55億元，占這些部門所屬單位財(cái)政撥款總額的12%。
從審計(jì)情況看，中央部門2008年預(yù)算執(zhí)行情況總體較好。一是執(zhí)行預(yù)算比較嚴(yán)格。有98%的財(cái)政撥款預(yù)算得到及時(shí)足額批復(fù)，財(cái)政撥款支出完成預(yù)算的97%，在中央部門公用經(jīng)費(fèi)預(yù)算統(tǒng)一削減5%的基礎(chǔ)上，44個(gè)部門公用經(jīng)費(fèi)實(shí)際支出控制在預(yù)算之內(nèi)。二是內(nèi)部管理不斷完善。7個(gè)部門建立了預(yù)算內(nèi)部公開制度，大部分部門探索試行了項(xiàng)目績效考評(píng)制度，有的部門擴(kuò)大了財(cái)務(wù)聯(lián)網(wǎng)集中核算范圍，有的開展了所屬單位領(lǐng)導(dǎo)人員經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計(jì)。三是依法理財(cái)和預(yù)算觀念得到加強(qiáng)。審計(jì)發(fā)現(xiàn)的違法違規(guī)問題呈下降趨勢(shì)，今年預(yù)算執(zhí)行審計(jì)查出的違規(guī)問題金額占審計(jì)財(cái)政撥款額的比重比去年下降了3.2個(gè)百分點(diǎn)；44個(gè)部門還制定和完善規(guī)章制度153項(xiàng)，預(yù)算管理的規(guī)范化程度不斷提高。
這次審計(jì)發(fā)現(xiàn)違規(guī)問題40.5億元，損失浪費(fèi)問題4.67億元，分別占審計(jì)財(cái)政撥款額的3.5%和0.4%。
此外，由于部門工作任務(wù)確定時(shí)間往往晚于部門預(yù)算編報(bào)時(shí)間，部門工作安排與部門預(yù)算安排不能很好地銜接，導(dǎo)致部分部門預(yù)算年初難以細(xì)化到具體項(xiàng)目和單位，影響部門預(yù)算編制的準(zhǔn)確性和完整性。如教育部、審計(jì)署等15個(gè)部門本級(jí)年初預(yù)算有103.92億元未細(xì)化；科技部、新華社等29個(gè)部門本級(jí)動(dòng)用的以前年度財(cái)政撥款結(jié)余等45.81億元未編入部門預(yù)算。
對(duì)上述問題，國務(wù)院已責(zé)成有關(guān)部門采取有效措施認(rèn)真整改，并完善相關(guān)制度。各部門認(rèn)真貫徹落實(shí)中央關(guān)于黨政機(jī)關(guān)厲行節(jié)約及開展“小金庫”專項(xiàng)治理工作等規(guī)定積極整改，在審計(jì)過程中已糾正各類問題14.72億元，制訂了86條整改措施，12個(gè)部門成立了會(huì)議費(fèi)清查小組，5個(gè)部門已對(duì)有關(guān)人員給予政紀(jì)處分。部門決算（草案）審計(jì)發(fā)現(xiàn)的問題，相關(guān)單位已按照審計(jì)長簽署的意見在財(cái)政部批復(fù)決算前予以糾正。
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